A GEPLAN possui Metodologia própria para Concepção e Desenvolvimento de Projetos, baseada em procedimentos de coordenação e gerenciamento de projetos. Ela permite controlar a qualidade do processo de elaboração, estabelecendo diretrizes para o desenvolvimento dos Projetos e garantindo e integração entre os vários Projetos. A Metodologia de Projetos da GEPLAN permite exercer a análise crítica dos mesmos e controlar a qualidade durante a concepção dos Projetos.